虽然近年来我国屋顶花园建设获得了一定的发展，但是，大量的屋顶绿化在建成后的使用过程中发现存在很多问题，这集中体现在政府 和行政主管部门关注不够、技术推广不利、成本过高以及观念陈旧。
（1） 地区发展不平衡
我国600多个城市由于地域的差异和经济发展的不平衡，城市基础建设存在较大差异。屋顶绿化现阶段主要在一些大城市和经济发达地区开展，即使同一城市，新城区和老城区能进行屋顶绿化的条件也存在极大差距。许多城市在绿化方面还是空白。
（2） 政府关注度不够
政府目前把城市绿化工作的主要方向放在有限的地面绿化上，一些城市在没有可利用的绿化用地时转移到对老公园绿地的改造，对屋顶绿化的作用还不能理解，对屋顶绿化的困难考虑过多，因此在技术研究、实验、推广方面投入少，对施工企业缺乏专项管理。在目前的社会管理模式下，政府的引导与推动往往具有事倍功半的效果，成都屋顶绿化发展的现状充分说明了这种现实。
（3） 专业施工企业不多
由于屋顶绿化工程目前数量有限，利润难以保证，无法建立相应的专业施工企业。目前各地屋顶绿化工程都不是由专业工程对施工，质量和安全问题较为普遍，水平难以令人满意，这样反过来影响屋顶绿化工程的开展。
（4） 建设与养护成本过高
屋顶绿化的施工过程基本在高空进行，材料搬运成本比地面高得多，同时，防渗漏、基土、灌溉与排水系统方面都会增加建设成本。其次，建成后的养护管理成本比普通绿地也高很多。尽管降低造价，选择合理的、易于养护的植物，是解决建设费过高、降低养护成本的有效措施，只有这样才能使屋顶绿化得到普及。当然如果算生态账的话，这些也不是问题。
（5） 建筑业主观念陈旧
屋顶绿化的实施，经常会遇到业主不配合或抵制的影响，他们始终认为屋顶绿化技术不过关，防水存在缺陷，对房屋的使用和维护不利，而且对屋顶绿化的生态功能和美好作用也没有正确的认识。 由于多年来我国屋顶花园的建设一直没有一个统一的标准模式和规范工艺，在屋顶花园设计过程中，生态方面出现了水土流失、污染严重、植物配置不合理等问题；安全方面暴露出不能长时间防渗抗漏、荷载超标等严重问题；经济方面产生了建造成本过高等情况。
